Assassin's Creed diễn ra vào năm 2012 với nhân vật chính là Desmond Miles, một chàng thanh niên làm nghề pha rượu. Anh được cho là hậu duệ của một số dòng sát thủ thời phục hưng; được nuôi dưỡng với tư cách là một sát thủ, Desmond đã trốn thoát khỏi gia đình du mục sát thủ của anh để đi tìm một cuộc sống bình dị. Tuy nhiên, sau đó Desmond bị bắt cóc bởi siêu tập đoàn Abstergo Industries, một bộ-mặt-hiện-đại của Hiệp sĩ dòng Đền; họ đã nhận ra dòng dõi của Desmond. Anh bị ép dùng 'Animus', một cỗ máy cho phép anh trải nghiệm những ký ức của tổ tiên anh, và trò chơi bắt đầu từ đây. Tuy nhiên, nội dung game không chỉ gói gọn như vậy. Abstergo đang ra sức tìm kiếm nơi cất giấu "Pieces of Eden", những kiệt tác có sức mạnh phi thường được phân bố rải rác khắp nơi, có thể kiểm soát toàn nhân loại và thay đổi vận mệnh. Desmond sau đó được giải cứu bởi một nhóm nhỏ sát thủ ngày nay và được đưa đến địa điểm an toàn. Sau khi đồng ý hợp tác với họ, Desmond dùng phiên bản Animus riêng của nhóm (Animus 2.0) để tiếp tục trải nghiệm những ký ức của tổ tiên Desmond và qua đó khám phá được nơi cất giữ Pieces of Eden và giữ chúng an toàn khỏi tay Abstergo. Trong khi lạc vào những ký ức của tổ tiên, một vài khả năng của họ nhập vào Desmond, hay còn gọi là "Hiệu ứng chảy máu" (Bleeding effect), do đó các kĩ năng đặc biệt của sát thủ được Desmond thực hiện một cách thuần thục.

Trong cỗ máy Animus, người chơi sẽ vào vai Altaïr ibn-La'Ahad, một sát thủ vừa bị giáng chức đang cố gắng khôi phục lại chức vị của mình trong thời kì Thập tự chinh, và Ezio Auditore da Firenze, một sát thủ người Ý sinh sống vào cuối thế kỉ 15 và đầu thế kỉ 16 trong thời kì Phục Hưng. Cả hai đều có mối quan hệ với một mảnh Pieces of Eden là "The Apple of Eden". Trong quá trình theo dấu chân của Ezio, những mảnh Pieces of Eden được tiết lộ, và trong số đó có Gậy Mục tử. Xuyên suốt qua những sự kiện trong trò chơi, Desmond học được những lời tiên tri về Ngày tận thế 2012 từ một dự án thử nghiệm Animus trước đó, Subject 16, cũng như những nhân vật ba chiều của một loài sinh sống trước thời kì con người. Những người này, được gọi là "Chủng tộc đầu tiên", tự gọi họ là Minarva, Juno và Jupiter. Họ nói trực tiếp với Desmond thông qua những màn chơi của Ezio và đến lượt Ezio khám phá ra rằng ông chỉ là một đường dẫn thông tin cho Desmond. Bộ ba Chủng tộc đầu tiên giải thích rằng họ tạo ra loài người, những người mà sau này đã chống đối lại họ. Một vệt lóa mặt trời đã quét sạch loài của họ trên hành tinh và tiêu diệt toàn bộ chủng tộc. Cả ba thất bại trong việc chống lại nó, và họ đã xây dựng hàng loạt các ngôi đền trên khắp thế giới mà họ tin rằng sẽ ngăn chặn được tai họa lần thứ hai, trong đó có "Hầm mộ trung tâm", được giấu bí mật ở New York. Chủng tộc đầu tiên đã thất bại trong việc lai tạo với loài người, vì vậy họ đã tạo ra dòng máu lai giữa họ và con người, chẳng hạn như Altaïr và Ezio; Desmond cũng là sự thống nhất của cả hai. Sự lai tạo này đã dẫn đến giác quan thứ sáu, thứ xuất hiện trong game với tên gọi "Eagle Vision" và "Eagle Sense".

Desmond bây giờ phải sử dụng lại Animus để truy cập vào ký ức của Ratonhnhaké:ton Kenway, một sát thủ có dòng máu một nửa người da đỏ, một nửa người Anh trong thời kì Cách mạng Hoa Kỳ, dùng hầm mộ trung tâm để tìm cách ngăn chặn một cơn vệt lóa mặt trời tương tự có khả năng xảy ra theo lời chỉ dẫn của những người đi trước. Sau đó Desmond đã hi sinh tính mạng để kích hoạt tấm lưới bảo vệ Trái Đất khỏi thảm họa Ngày tận thế trong năm 2012.

Nối tiếp câu chuyện của Assassin's Creed III là những câu chuyện của Assassin's Creed IV: Black Flag. Người chơi sẽ vào vai một nhân viên của tập đoàn Abstergo, dùng cỗ máy Animus để trải nghiệm nhân vật Edward Kenway - ông nội của Ratonhnhaké:ton và là cha của Haytham Kenway. Edward Kenway trong game sẽ là một thuyền trưởng chỉ huy tàu Jackdaw khám phá vùng biến Caribbean những năm 1715, trải nghiệm thời kỳ hoàng kim của giới Hải tặc. Edward Kenway xuất thân từ dòng dõi quý tộc người Anh. Edward sớm vào đời và nối nghiệp với nghề lái buôn truyền thống của gia đình. Tuy nhiên sự tham lam của chính quyền cai trị vào thời điểm ấy, Edward và gia đình mình đã bị kết tội trốn thuế, tịch thu toàn bộ tài sản và đày ải ra ngoài vùng vịnh.